Η Σ.Ε. του Π.Μ.Σ. εισηγείται στην Ε.Δ.Ε., μία εβδομάδα πριν την έναρξη των μαθημάτων, την επιλογή των Μ.Φ. και τον πίνακα των Μ.Φ. που γίνονται δεκτοί υπό προϋποθέσεις, λαμβάνοντας υπόψη τις σχετικές διατάξεις της νομοθεσίας, προκειμένου η Ε.Δ.Ε. να λάβει τη σχετική απόφαση.

Η επιλογή των Μ.Φ. γίνεται κυρίως με συνεκτίμηση των εξής κριτηρίων: Το γενικό βαθμό του διπλώματος, τη βαθμολογία στα προπτυχιακά μαθήματα που είναι σχετικά με τα μαθήματα του Π.Μ.Σ., το βαθμό της διπλωματικής εργασίας και την τυχόν ερευνητική δραστηριότητα του υποψηφίου.

Ο αριθμός των φοιτητών που γίνονται δεκτοί κατ’ έτος για το Μ.Δ.Ε. δεν μπορεί να είναι περισσότεροι από σαράντα (40), έτσι ώστε το σύνολο των Μ.Φ. να ανέρχεται σε περίπου εξήντα (60), λαμβάνοντας υπ’ όψη μία λογική μέση διάρκεια σπουδών. Οι υπότροφοι του Ι.Κ.Υ. και οι αλλοδαποί υπότροφοι του Ελληνικού Κράτους θα εγγράφονται καθ’ υπέρβαση του αριθμού 40, όπως προβλέπεται στο άρθρο 4, παρ. 3, του Ν. 3685/2008.