Με την ένταξη κάθε Μ.Φ. στο Π.Μ.Σ. η Σ.Ε. του Π.Μ.Σ. εισηγείται στη Ε.Δ.Ε., η οποία αποφασίζει και ορίζει τον Επιβλέποντα Σύμβουλο Καθηγητή (Ε.Σ.Κ.) σε συνεργασία με τον οποίον ο Μ.Φ. καθορίζει το πρόγραμμα μαθημάτων που θα παρακολουθήσει. Οι Ε.Σ.Κ. ορίζονται από τα μέλη Δ.Ε.Π. των συμμετεχόντων Τμημάτων και για τον ορισμό τους λαμβάνεται υπόψη η γραπτή εκφρασμένη επιθυμία του Μ.Φ. για συνεργασία με συγκεκριμένο μέλος Δ.Ε.Π., αλλά κυρίως η κατά το δυνατόν ισομερή κατανομή των Μ.Φ. στα μέλη Δ.Ε.Π.

 Οι Μ.Φ. που εγγράφονται στο Π.Μ.Σ. υποχρεούνται να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς σε δέκα (10) εξαμηνιαία Μ.Μ. του Π.Μ.Σ. και να συγκεντρώσουν μέσο όρο βαθμολογίας έξη (6). Οι Μ.Φ. εγγράφονται και δηλώνουν τα μαθήματα με την έναρξη των ακαδημαϊκών εξαμήνων, σύμφωνα με τους κανόνες επιλογής ΜΜ. Οι Μ.Φ. μπορούν να απαλλάσσονται από την υποχρέωση παρακολούθησης και εξέτασης σε μαθήματα που έχουν ήδη παρακολουθήσει ή μαθήματα ισοδύναμου περιεχόμενου. Για την απαλλαγή και βαθμολόγηση στο μάθημα οι ενδιαφερόμενοι φοιτητές πρέπει να απευθύνονται στον διδάσκοντα (ή διδάσκοντες) του αντίστοιχου μαθήματος και να ζητούν να αξιολογηθούν για τις γνώσεις τους στο μάθημα. Ο διδάσκων (ή διδάσκοντες) του μαθήματος αξιολογούν και βαθμολογούν κάθε φοιτητή στο μάθημα με μεθόδους που αυτοί επιλέγουν και οπωσδήποτε ισοδύναμες με αυτές που αξιολογούνται και οι υπόλοιποι φοιτητές. Αν ο φοιτητής αξιολογηθεί με προβιβάσιμο βαθμό αυτός κατατίθεται μαζί με τους βαθμούς των άλλων φοιτητών, όταν εξετασθεί το μάθημα. Αν δεν πάρει προβιβάσιμο βαθμό εξετάζεται κανονικά στο μάθημα μαζί με τους υπόλοιπους φοιτητές. Ο/Η φοιτητής/τρια οφείλει να ζητήσει από τον διδάσκοντα να γίνει αυτή η διαδικασία αμέσως  μετά την εγγραφή του στο Π.Μ.Σ.

 Από κάθε κύρια επιστημονική ενότητα Μ.Μ. υποχρεωτικά επιλέγεται τουλάχιστον ένα (1) Μ.Μ., του χειμερινού ή θερινού εξαμήνου, για κάθε Μ.Φ. Όλα τα Μ.Μ. εξετάζονται κατά τις εξεταστικές περιόδους των προπτυχιακών μαθημάτων και ο Μ.Φ. οφείλει να περατώσει επιτυχώς την εξέταση όλων των Μ.Μ. του στις τρεις εξεταστικές περιόδους του ακαδημαϊκού έτους που εγγράφεται στο Π.Μ.Σ., διαφορετικά αυτόματα διαγράφεται από το Π.Μ.Σ. 

 Μετά την εξέταση του χειμερινού εξαμήνου επιλέγεται η Μ.Δ.Ερ. και το αργότερο εντός είκοσι (20) ημερών από την ολοκλήρωση κατάθεσης των αποτελεσμάτων εξέτασης των Μ.Φ., ο Ε.Σ.Κ. με έγγραφό του ανακοινώνει στη Γραμματεία του Τμήματος το αντικείμενο της Μ.Δ.Ερ. Η καταληκτική αυτή ημερομηνία ανακοινώνεται με έγγραφο από το Διευθυντή του ΠΜΣ.